КЗ «Вінницький обласний центр профілактики та боротьби зі СНІДом» складається з наступних підрозділів:
1. Адміністративно-управлінський та господарський
2. Відділ бухгалтерського і планово — економічного обліку та звітності
3. Амбулаторно-поліклінічне відділення
4. Лабораторія Центру.
5. Кабінет довіри (ДКТ);
6. Відділ організаційно-методичної, профілактичної роботи та епідмоніторингу
7. Стаціонарне відділення для дорослих та дітей з хоспісним блоком
8. Ендоскопічний кабінет
9. Кабінет УЗД
10. Центр моніторингу і оцінки з питань поширення ВІЛ-інфекції/СНІДу