Центр створено відповідно до рішення 4 сесії обласної Ради 4 скликання від 7 листопада 2002 року № 152 „Про створення обласного комунального закладу „Вінницький обласний Центр з профілактики та боротьби зі СНІДом”.
Центр інфекційних хвороб є самостійним обласним лікувально-профілактичним закладом і спільною власністю територіальних громад Вінницької області, управління якою здійснює Вінницька обласна Рада. Центр створений з метою здійснення медичної практики щодо профілактики і боротьби з:
ВІЛ-інфекцією/СНІДом, діагностики і лікування ВІЛ-інфікованих та хворих на СНІД, що проживають на території Він об;
Вірусними гепатитами В та С;
Сифілісом;
А з початку 2021 р. ще й COVID-19.
Центр розташований на ІІ та ІІІ поверхах 3-поверхової будівлі на території „Медмістечка“, . Загальна площа приміщень, які є спільною власністю територіальних громад області та передані в оперативне управління Комунальному некомерційному підприємству Вінницької обласної Ради "Клінічний Центр інфекційних хвороб”, становить 1167 кв. м.