КНП ВОР «Клінічний Центр інфекційних хвороб» складається з наступних підрозділів:
- Адміністративно-управлінський та господарський.
- Відділ бухгалтерського і планово — економічного обліку та звітності.
- Амбулаторно-поліклінічне відділення.
- Лабораторія Центру.
- Кабінет довіри (ДКТ).
- Відділ організаційно-методичної, профілактичної роботи та епідмоніторингу.
- Приймальне відділення.
- Стаціонарне відділення № 1.
- Стаціонарне відділення № 2.
- Ендоскопічний кабінет.
- Кабінет УЗД.
- Центр моніторингу і оцінки з питань поширення ВІЛ-інфекції/СНІДу.